遠古時期
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早在35000年前，「河套人」就在鄂爾多斯境內生活著。1922年，法國天主教神父桑志華，首次在毛烏素沙漠上的薩拉烏蘇河（又名紅柳河，為無定河支流）河谷發現了一顆「河套人」的門齒化石。而「河套人」所創造的物質文化現在被稱為「薩拉烏蘇文化」。經過考古學家對地質、動物化石和石器的綜合分析研究，薩拉烏蘇文化被認定為舊石器時代晚期文化[5]。
上古史
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先秦時期，該地屬鬼方、林胡、樓煩等遊牧民族。前5世紀末，今鄂爾多斯東部的準格爾旗一帶為上郡。公元前328年，魏國將上郡割讓給秦國。後來秦國在鄂爾多斯西南部的鄂托克前旗、鄂托克旗及其相鄰地區設置了北地郡，其餘地域為樓煩等游牧部落的聚居區。公元前306年，趙國打敗林胡、樓煩，在鄂爾多斯東北部一帶設置雲中郡、九原郡。
公元前221年，秦始皇統一中國，在今鄂爾多斯一帶設立郡、縣：鄂托克旗、鄂托克前旗一帶屬北地郡，準格爾旗、伊金霍洛旗東部一帶屬雲中郡，達拉特旗、準格爾旗北部一帶屬九原郡，烏審旗、鄂托克前旗、伊金霍洛旗南部一帶屬北地郡，四郡下轄34個縣。鄂爾多斯在秦漢時期產生了兩個古稱：「河南地」與「新秦中」，「河南地」指位於黃河以南，白羊國王曾稱河南王。因秦朝多次向「河南地」即河套地區移民和戍卒，原秦中地區人大量北移至河套地區，便有了「新秦中」這一稱號。鄂爾多斯市轄境仍有蒙恬修築的秦直道遺址。
公元前127年，漢武帝派遣衛青、李息率兵出擊匈奴，占領「河南地」，西漢在陰山以南的河谷地帶設置多個邊郡，即上郡、西河郡、五原郡、朔方郡、雲中郡。今鄂爾多斯達拉特旗北部地區設五原郡，郡下設河陰、曼柏、高興三縣；杭錦旗一帶設朔方郡，郡下設臨戎、沃野、臨河、廣牧、朔方、呼遒、渠搜等縣；準格爾旗北部地區設雲中郡，郡下設沙南縣；在今準格爾旗東部及東勝區、伊金霍洛旗部分地區設西河郡，郡下設谷羅、富昌、美稷、增山、虎猛、大成6個縣；在今烏審旗一帶設上郡，郡下設奢延、白土、高望3縣。
10年，王莽篡權後，新朝為控制今鄂爾多斯地區，將朔方郡改為渠搜郡，五原郡改為獲降郡，雲中郡改為受降郡，西河郡改為歸新郡。東漢建立後，漢光武帝於35年和44年先後撤銷朔方郡、五原郡，將今鄂爾多斯地區歸并州（位於今山西太原）領有。50年，東漢又將今鄂爾多斯地區分隸於朔方郡、五原郡、雲中郡、河西郡、上郡。朔方郡轄有今鄂爾多斯杭錦旗南部、鄂托克前旗一帶，下轄朔方縣、廣牧縣、大成縣；五原郡轄有達拉特旗和準格爾旗的北部一帶，下轄河陰縣、曼柏縣；雲中郡轄有今準格爾旗東北部地區；下轄沙南縣；河西郡轄有今東勝區、伊金霍洛旗和準格爾旗西南部一帶，下轄美稷縣、平定縣；上郡轄有今伊金霍洛旗南部和烏審旗一帶，下轄榆林縣、奢延縣。
十六國時期，轄境被匈奴、羯等五胡統治。319年，後趙在今杭錦旗北部建立朔州。407年，赫連勃勃稱「天王、大單于」，在今烏審旗南部薩拉烏蘇河畔建立大夏。413年，夏國驅役十萬各族人民，採用「蒸土築城」的辦法在朔方水（今薩拉烏蘇河）之北黑水之南營建都城。取名「統萬城」，寓意「統一天下，居臨萬郡」。該城歷時7年建成。城基厚25米，城高23.33米，寬11.16米，其遺址至今可見。
南北朝時期，先後屬北魏、西魏和北周。425年，北魏在今北部沿邊一帶設置沃野、懷朔、撫冥、柔玄、懷荒、武川六鎮。後將統萬城改為統萬鎮。鄂爾多斯地區分屬朔州、長州、夏州等。525年，北魏裁撤朔州，將朔州在今鄂爾多斯的轄區歸入并州。
中世史
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隋開皇九年（589年），在今準格爾旗、達拉特旗、東勝區一帶設榆林郡、下轄榆林縣、富昌縣、全河縣；在今烏審旗和鄂托克旗相鄰地區設朔方郡，下設岩綠縣、寧朔縣、德靜縣、長澤縣；在今達拉特旗和杭錦旗的部邊沿設五原郡，開皇五年（585年）曾在這裡設豐州，下轄九原縣、永豐縣、安化縣、大同城；在今鄂托克旗、鄂托克前旗沿黃河地區設靈武郡，下轄杯遠縣、靈武縣、回樂縣、弘靜縣、豐安縣；在今鄂托克旗和鄂托克前旗一帶設鹽川郡，下轄五原縣。今準格爾旗最北端十二連城鄉，至今遺存著一座古城舊跡「十二連城」，由十二座城連接而成。據《元和郡縣誌》記載，十二連城原為隋唐時期勝州榆林城，始建於隋文帝開皇三年（583年），當時該城地處戰略要點。
唐朝建立後，唐高宗於咸亨三年（672年）將今鄂爾多斯地區劃入關內道領屬，在今準格爾旗、東勝區東部設勝州，下轄榆林縣、河濱縣；在今伊金霍洛旗南部及烏審旗一帶設夏州，下轄岩綠縣、德靜縣、寧朔縣、長澤縣；在今鄂托克旗、鄂托克前旗設宥州，下轄延恩縣、歸仁縣、懷德縣、長澤縣；在鄂托克前旗的南部設鹽州，下轄五原縣；在今鄂托克旗、鄂托克前旗西部地區設靈州，下轄懷遠縣；在杭錦旗北部設豐州，下轄九原縣、永豐縣。唐末，鄂爾多斯分別被靈武節度使（亦稱朔方節度使或靈鹽節度使）、振武節度使占領。
五代十國時期，鄂爾多斯大部地區長期屬定難節度使（西夏前身）管轄，周旋於各種勢力之間。
遼神冊元年（916年），遼朝在今準格爾旗、達拉特旗、東勝區、伊金霍洛旗東部地區設振武軍，廢棄勝州。遼天顯四年（929年），在今達拉特旗、準格爾旗北部置西南面招討司（治天德軍），下轄富民縣、振武縣；在今達拉持旗西南部、東勝區東部置河清軍；在今準格爾旗南部及東勝市東部一帶設全肅州；在今達拉特旗、準格爾旗東部設東勝州，下轄榆林縣、河濱縣；在今達拉特旗、準格爾旗北部設雲內州，下轄柔服縣、寧人縣。
北宋建隆元年（960年），北宋在今鄂爾多斯東部地區設麟州新秦郡，下轄新秦縣；在今鄂爾多斯南部地區設夏州、宥州，在西南部設鹽州。太平興國七年（982年）六月，党項首領李繼遷叛宋自立，張浦獻策出奔地斤澤，以此為根據地抵抗宋朝。地斤澤據考證就在今烏審旗境內[6]。李元昊建立西夏後，鄂爾多斯地區成為宋夏戰爭的前線。
蒙古興起後
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鄂爾多斯市的成吉思汗騎馬雕塑
位於伊金霍洛旗的成吉思汗陵
1206年成吉思汗建立蒙古帝國，隨即展開對西夏的戰爭。1227年8月，成吉思汗在征戰西夏途中病逝，第三子窩闊台將其靈柩和遺物置於八頂白色蒙古包中進行供奉，統稱「八白室」。「鄂爾多斯」一名即來源於此，意思是「眾多的宮殿」。得名於斡耳朵（蒙古語：ᠣᠷᠳᠣ，中蒙通用轉寫：orda）的複數形式。斡耳朵本義為宮帳，亦是成吉思汗「八白室」祭祀者的代稱。
元代，八白室作為元朝的太廟也隨之遷到大都。元世祖忽必烈下旨規定了八白室的祭禮和祭文細則，要求一年四季舉行祭祀。八白室中，成吉思汗和幾位夫人的靈柩組成了三個白室。成吉思汗生前用過馬鞍、弓箭、奶桶、史料書籍和受過成吉思汗膳封的轉世白神馬組成其他五個白室。由達爾扈特人世世守護，此後一直是黃金家族權力的象徵。
元朝滅亡後，八白室隨著蒙古部落的遷徙輾轉草原多處。明中期，鄂爾多斯部隨蒙古大汗滿都魯南下河套，八白室也在15世紀中葉遷到黃河以南的鄂爾多斯地區。後來異姓領主滿都賚等人一度控制八白室和鄂爾多斯部。直到16世紀初，達延汗巴圖蒙克率部征討，重新統一蒙古本部，八白室才又歸於孛兒只斤氏黃金家族。
清代
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17世紀初，末代蒙古大汗林丹汗率察哈爾部西進，擊潰漠南蒙古右翼聯軍，鄂爾多斯部隨即潰散。後金征服察哈爾後，鄂爾多斯部降附皇太極。清順治六年（1649年），鄂爾多斯部落被分為6個扎薩克旗：鄂爾多斯左翼中旗（原郡王旗），位於河套內正中近東，扎薩克駐敖西喜峰；鄂爾多斯左翼前旗（今準格爾旗），方位在河套內東南，扎薩克駐紮拉谷；鄂爾多斯左翼後旗（今達拉特旗），方位在河套內東北，扎薩克駐巴爾哈遜湖；鄂爾多斯右翼中旗（今鄂托克旗），方位在河套內正西近南，扎薩克駐錫拉布里多諾爾；鄂爾多斯右翼前旗（今烏審旗），方位在河套內西南，扎薩克駐巴哈諾爾；鄂爾多斯右翼後旗（今杭錦旗），方位在河套內西北，扎薩克駐鄂爾吉虎諾爾河；後在乾隆元年（1736年）增設鄂爾多斯右翼前末旗（俗稱扎薩克旗），方位在河套內中西部，扎薩克駐忽雞圖希里。後鄂爾多斯部7旗會盟於王愛召（又名伊克昭），因此得名「伊克昭盟」。
清代，八白室遷到了鄂爾多斯阿拉騰甘德爾敖包附近。從此這裡被叫做伊金霍洛，意為「聖主的院落」。由鄂爾多斯濟農專門負責祭祀成吉思汗。
同時，隨著康雍乾年間漢地人口大量增加，人地矛盾尖銳，大量內地貧民迫於生活壓力，向外遷徙。其中就包括晉、陝等地的百姓向鄂爾多斯、歸化城土默特和察哈爾等地移民。「走西口」大幅改變了內蒙古西部地區的人口、社會結構，鄂爾多斯地區的經濟和生活方式也逐漸被漢文化所同化。乾隆六年（1741年），在山西省的「口外」置歸綏道。光緒三十三年（1907年），又設東勝直隸廳，管轄原屬鄂爾多斯左翼中旗、右翼前末旗的漢人墾地。
近現代
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中華民國大陸時期，鄂爾多斯市轄境屬綏遠特別區、綏遠省管轄
民國成立後，1914年北洋政府設綏遠特別區，東勝縣、伊克昭盟七旗屬之。1928年國民政府成立後，改為綏遠省。
盧溝橋事變之後，鄂爾多斯地區由大後方變為抗日戰爭的前線。1937年10月14日，日軍占領歸綏，10月17日占領包頭。日軍與內蒙軍第四師、第八師南渡黃河進占了達拉特旗沿灘地區、準格爾旗東河套川、大營盤、七卜窯子，以及東勝縣城郊、杭錦旗王府、鄂托克旗桃力民等地。隨著蒙疆政府的成立，伊克昭盟的蒙古王公貴族也人心浮動。達拉特旗王爺康達多爾濟、保安司令章景文先後聯絡日軍，該旗保安團團長森蓋林慶投日，被任命為「鄂爾多斯蒙古挺進隊司令」。1938年1月21日，內蒙軍第八師明更巴彥爾團長帶領500餘人趁黃河結冰，從包頭突然攻入杭錦旗王府；1月23日杭錦旗王爺阿拉坦敖其爾到包頭，成立「伊盟公署」並自任副盟長。日偽方面在杭錦旗王府建立據點，並修築機場。1939年春，日軍飛機轟炸杭錦王府、沙日特莫圖、烏蘭阿貴廟。1939年11月，日偽軍再次進犯達拉特旗新城，炸死100多人，新城失守。臘月底，日偽軍占領昭君鎮柴登灘。1941年1月15日，日軍擊退王愛召的國軍守軍後，大肆洗劫並燒毀了王愛召。3月，日軍攻占新民堡（今王愛召鎮新民堡村）。
面對日軍的入侵，晉綏軍傅作義部的國民兵司令部副司令李大超邀請中共綏遠省工委書記李仲權中校任政訓處主任。1938年2月，國民兵司令部接受了李仲權建議和桃力民自衛軍的申請，令五原的國民兵騎兵第三旅（旅長孟文仲少將）率六個連的300名兵力進軍伊盟，與共產黨領導的桃力民自衛軍百餘人，共400多人，在四十里梁的阿木龍貴一帶共同打擊盤據在杭錦旗王府的日偽軍。杭錦旗護理札薩克色登多爾濟召開衙門官員會議，聲討揭露日本駐包頭特務機關和投日分子的罪行。
1938年初，駐榆林的第22軍（軍長高雙成）第86師第515團（團長高致凱）保衛東勝城。1938年3月15日，在日軍顧問的指揮下，駐達拉特旗大樹灣的內蒙軍第8師與投日的達拉特旗保安團，兵分兩路進攻東勝縣城。最終敗退。1938年4月，中共少數民族工委改為綏蒙工委，率八路軍警備騎兵第一團開赴伊盟前線，保衛陝甘寧邊區。綏蒙工委對外不公開，設在克泊爾廟（現木凱淖爾鎮大克泊爾村），以八路軍綏蒙游擊司令部政治部的名義開展工作。1938年6月，綏蒙工委為創建桃力民抗日根據地，決定組建了桃力民工委具體領導桃力民地區的抗日救亡運動。1939年春，國民革命軍新編第三師第一團進駐桃力民，實際上是以烏蘭夫為首的中共地下黨委領導的一支蒙古族抗日武裝。1939年11月隨著在大青山建立綏遠省委，綏蒙工委撤離桃力民，在桃力民的烏素加汗村組建伊盟工委，受西北局領導，對外以八路軍聯絡參謀處名義開展工作。1941年2月，八路軍騎兵第三營撤出桃力民地區，伊盟工委撤銷。
為了籠絡鄂爾多斯的蒙古王公，蒙疆政府要求把八白室移往包頭，但被伊克昭盟盟長沙格都爾扎布和各旗王爺抵制。因形勢所迫，只好將八白室西遷到甘肅興隆山。1939年6月9日，八白室開始西遷。1939年7月1日，國民政府在興隆山舉行安放典禮。1949年初，因國共內戰，又將八白室遷到青海塔爾寺。
中共建政後，伊克昭盟各旗改為現名，又將1949年5月成立的「伊盟自治政務委員會」改稱「伊盟人民自治政府」，屬綏遠省。1954年，原綏遠省轄境劃入內蒙古自治區。同年，經中華人民共和國中央人民政府批准，內蒙古自治區人民政府將八白室遷回伊金霍洛旗，被稱為「成吉思汗陵」[7]。
2001年2月，經國務院批准，內蒙古自治區撤消伊克昭盟，成立地級鄂爾多斯市[5]。
2016年6月8日，設立康巴什區，將鄂爾多斯市東勝區的哈巴格希街道、青春山街道、濱河街道劃歸康巴什區管轄。